Մանուշ Սաղյանի աշխատանքային առաջին փորձը եղել է ԱՀ ընդհանուր իրավասության առաջին ատյանի դատարանում՝ որպես դատավորի գործավար, այնուհետև՝ աշխատակազմի դատական նիստերի քարտուղար։ ԱՀ ՄԻՊ աշխատակազմի դեպարտամենտի բողոքների ուսումնասիրության և քննարկման բաժնում Մանուշ Սաղյանը զբաղեցրել է առաջատար մասնագետի պաշտոնը։
Մանուշ Սաղյանը մասնագիտական փորձ է ձեռք բերել նաև Արցախի ներդրումային հիմնադրամում՝ զբաղեցնելով իրավաբանական բաժնի մասնագետի, այնուհետև՝ գլխավոր մասնագետի հաստիքը։